外科口罩和医用口罩的区别在于两者采用了不同的生产标准，外科口罩全称为医用外科口罩，采用了YY0469-2011的生产标准，而医用口罩通常指一次性医用口罩或医用护理口罩，一般采用YY/T0969-2013的生产标准，外科口罩相对医用口罩的标准更为严格，在颗粒过滤效率上的等级更高。
医用外科口罩生产标准
医用外科口罩是适用于临床医务人员在有创操作等过程中佩戴的一次性口罩，其细菌过滤效率应不小于95%，而颗粒过滤效率应不低于30%。对应的生产标准为YY0469-2011。
一次性医用口罩生产标准
普通的一次性医用口罩适用于普通医疗环境中佩戴，用于阻隔口腔和鼻腔呼出或喷出污染物，其对于细菌的过滤效率同样规定了不小于95%，但对于颗粒过滤效率未做要求，标准相对医用外科口罩较低。对应的生产标准为YY/T0969-2013。
综合以上生产标准可知外科口罩和医用口罩的区别主要在颗粒过滤效率上，在预防飞沫传播上，更推荐使用N95或者医用外科口罩，但如果买不到这两种，使用一次性医用口罩也是具备一定防护效果的。