东野菰是用分株方法进行繁殖，种株的好坏直接影响东野菰的结茭率、产量和品质。由于黑粉菌侵入的时间、数量和栽培管理水平的差异，常引起种性退化，导致雄茭、灰茭的出现，所以每年应严格优选种株。
优良母株的选择要求：当年株形整齐，孕茭早，结茭多，茭肉肥大，茭形好看;结茭部位低，且成熟一致;无雄茭、灰茭，无壳里青、畸形茭的茭墩留种。
每年双季茭种苗应严格精选3次;第1次选在当年种植的东野菰夏茭采收时进行，根据选种标准选择优良单株做种并做好标记;第2次在春茭采收时对第1次选择的种株进行复选，除去不符合标准的茭株;第3次结合冬季茭田管理及时挖去雄株、杂株、灰株及壳里青、畸形茭等茭墩。一般栽植1亩大田需250个种墩左右。
栽前留10cm，割去选留好的优良种墩的地上枯叶，挖出种墩，劈取健壮老茎苗，以一根带根的老茎为一苗。栽植密度宽行1m，窄行0.8m，株距0.6m，每亩栽1400墩左右。栽植深度以老茎的白色部分入泥为宜(即原来的深度)。